Otwór pod kotwę chemiczną przygotowuje się dokładnie według instrukcji danego systemu. W typowym montażu samo wywiercenie otworu nie wystarcza, ponieważ pył pozostający na ściankach ogranicza kontakt żywicy z podłożem. Zamiast połączenia z nośnym betonem powstaje połączenie z luźną warstwą zanieczyszczeń. Wypełnienie otworu większą ilością masy nie usuwa tej przyczyny i nie przywraca obliczeniowej nośności.
Wymagania obejmują sposób wiercenia, średnicę i głębokość otworu, dopuszczalną wilgotność oraz kolejność czyszczenia. Często stosuje się przedmuchiwanie i szczotkowanie, ale liczby cykli nie wolno ustalać uniwersalnie. Znaczenie ma właściwa średnica szczotki i stan jej włosia. Zużyta lub za mała szczotka może przejść przez otwór bez skutecznego oczyszczenia ścianek. W głębokich otworach potrzebne bywają przedłużenia i określone źródło sprężonego powietrza.
Istnieją systemy, w których zatwierdzone wiertło odsysające usuwa pył podczas wiercenia i zastępuje wskazane czynności ręczne. Przykładem jest odpowiednio skonfigurowany system Hilti SafeSet. Wyjątek dotyczy kompletnego rozwiązania opisanego przez producenta: właściwego wiertła, odsysania, zaprawy i warunków montażu. Przyłożenie zwykłego odkurzacza do wylotu dowolnego otworu nie tworzy takiego systemu i nie uzasadnia pominięcia szczotkowania.
Po oczyszczeniu trzeba nadal przestrzegać zasad przygotowania żywicy, dozowania od dna i osadzenia elementu na wymaganą głębokość. Otwór nie może ponownie zapełnić się pyłem ani wodą w warunkach, których instrukcja nie dopuszcza. Czas utwardzania zależy m.in. od temperatury podłoża. Do jego zakończenia nie należy obciążać ani poruszać kotwą. Próba dokręcenia nakrętki wcześniej może naruszyć tworzące się połączenie.
Jeżeli kotwy już osadzono bez wymaganego czyszczenia, nie można uznać ich za poprawne tylko dlatego, że nie dają się wyjąć ręką. Projektant zamocowania lub wykonawca z odpowiednimi kompetencjami powinien ustalić sposób oceny i naprawy. Dotyczy to zwłaszcza balustrad, podwieszeń i innych mocowań wpływających na bezpieczeństwo. Przy czyszczeniu chroń oczy i ogranicz unoszenie pyłu; nie przedmuchuj otworu ustami ani nie stawaj w osi wyrzucanych zanieczyszczeń.