Studnia chłonna przenosi wodę z powierzchni w głąb gruntu, dlatego zła lokalizacja może zwiększyć zawilgocenie fundamentów, destabilizować skarpę lub zanieczyścić ujęcie. Najważniejsze są przepuszczalność kolejnych warstw, najwyższy poziom wód gruntowych, odległość od budynku, studni, granic i instalacji oraz możliwość bezpiecznego przelewu. Chwilowe wsiąkanie w małym dołku po suchej pogodzie nie opisuje pracy urządzenia podczas długiego opadu.
Projekt poprzedza badanie gruntu i test infiltracji wykonany na właściwej głębokości. Objętość dopływu można wstępnie oszacować ze wzoru V = C × A × h, gdzie C oznacza współczynnik spływu, A powierzchnię dachu, a h wysokość deszczu. Dla 150 m² dachu, opadu 30 mm i C = 0,9 powstaje około 4,05 m³ wody. Od tej wartości odejmuje się infiltrację w czasie opadu i dobiera rezerwę oraz przelew, uwzględniając lokalne wymagania prawne.
Nie lokuj urządzenia wyłącznie tam, gdzie najłatwiej doprowadzić rurę. Projektant musi sprawdzić wpływ na fundament, sąsiednią działkę, skarpę i wody gruntowe oraz wymagane zgody. Dno powinno zachować bezpieczną separację od maksymalnego zwierciadła wody, a dostęp umożliwiać kontrolę osadu. Jeśli studnia przepełnia się, nie wolno kierować przelewu pod dom. Zamulonego urządzenia nie udrażnia się przez wtłaczanie zanieczyszczeń głębiej; usuwa się osad i przywraca warstwę filtracyjną.