Pracujący silnik pompy nie gwarantuje przepływu przez pętle. Wirnik może być zablokowany, instalacja zapowietrzona, zawory zamknięte, filtr zatkany albo siłowniki pozostać bez sygnału otwarcia. Pompa może też tłoczyć przez krótki obieg lub źle ustawiony bypass, omijając rozdzielacz. Same przepływomierze potrafią zakleszczyć się od osadu, dlatego zerowe wskazanie na wszystkich polach trzeba porównać z temperaturami i rzeczywistą różnicą ciśnienia, a nie uznawać automatycznie za brak wody.
Diagnostykę prowadzi się od bezpiecznego sprawdzenia ciśnienia statycznego, położenia zaworów, żądania z termostatów i stanu siłowników. Następnie kontroluje się filtr, odpowietrzenie, kierunek pompy oraz temperaturę zasilania i powrotu. Pętle otwiera się kolejno, obserwując zmianę wskazań. Potrzebny przepływ można oszacować z zależności P ≈ 1,16 × V × ΔT, gdzie moc P jest w kilowatach, przepływ V w metrach sześciennych na godzinę, a różnica temperatur w kelwinach. Dla 5 kW i 5 K wychodzi około 0,86 m³/h łącznie, lecz nastawy rozdziela się według obciążeń pętli.
Nie należy zwiększać biegu pompy do maksimum bez rozpoznania. Przy zamkniętych zaworach rośnie hałas i zużycie, a przy braku wody pompa może się przegrzać. Gorącej instalacji nie odpowietrza się gwałtownie, ponieważ grozi to poparzeniem i spadkiem ciśnienia. Po usunięciu blokady układ trzeba odpowietrzyć, wyczyścić, ustawić przepływy i sprawdzić reakcję każdego pomieszczenia. Jeżeli pompa jest bardzo gorąca, wydaje metaliczne dźwięki, zabezpieczenie elektryczne zadziałało albo widać wyciek, urządzenie należy wyłączyć i zlecić kontrolę instalatorowi.