Stęchły zapach po uruchomieniu zwykle powstaje na wilgotnych elementach jednostki wewnętrznej. Kurz zatrzymany na filtrze i wymienniku, woda w tacy skroplin oraz biofilm w odpływie tworzą warunki do rozwoju mikroorganizmów. Jeżeli syfon skroplin jest pusty albo źle wykonany, wentylator może także zasysać zapach z kanalizacji lub przestrzeni technicznej. Sama wymiana filtra nie zawsze wystarcza, ponieważ źródło może znajdować się głębiej.
Wyłącz urządzenie, wyjmij i oczyść filtry wyłącznie w sposób dopuszczony przez producenta oraz sprawdź, czy z odpływu swobodnie uchodzą skropliny. Serwis powinien obejrzeć wymiennik z obu stron, wirnik wentylatora, tacę, odpływ i izolację, a następnie wykonać czyszczenie środkiem przeznaczonym do konkretnego urządzenia. Trzeba również sprawdzić spadek odpływu i źródło nadmiernej wilgoci, aby zapach nie wrócił po krótkim czasie.
Nie rozpylaj perfum, domowych detergentów ani przypadkowego preparatu bezpośrednio do pracującej jednostki. Można podrażnić drogi oddechowe, uszkodzić powłoki i roznieść zanieczyszczenia po pomieszczeniu. Zapach spalenizny, dym lub nietypowe nagrzewanie to inna sytuacja niż stęchlizna: urządzenie należy wtedy odłączyć i pilnie sprawdzić elektrycznie. Po czyszczeniu warto kontrolować filtry i odpływ z częstotliwością zależną od warunków pracy.